Кеккей Генкай
Буквально «наследие крови», Кеккей Генкай это могущественная генетическая комбинация, у группы людей, передаваемая по наследству. С ее помощью человек имеет уникальные способности, которые нельзя ни повторить, ни произвести, исключение только при трансплантации органа, генетического вмешательства. Чаще всего носители этого гена – шиноби, причем чаще всего самые успешные. Рвение, с которым Правители Стран использовали в военных действиях носителей этого гена, привело к всеобщему презрению и даже охоте на этих людей. На поле боя они наводили ужас на врагов, а в мирное время и на обычных людей – мирное население буквально пытались истребить их.
Бьякуган
Буквально «белый глаз», это Кеккей Генкай глаза – додзюцу, которым владеют только представители клана Хьюга. Когда бьякуган активирован, пользователь видит все в пределах 50 метров и на 360 градусов во все стороны (максимально на пару десятков секунд 1000 метров), кроме одной небольшой точки около задней части шеи ниже к спине. Глаза пользователя белы, а на висках выступают вены, когда Бьякуган в активированном состоянии. Бьякуган дает пользователю такие способности как ренгенное зрение. Степень концентрации и использования бьякугана зависит от навыков пользователя. Бьякуган это отличное средство для поиска, идентификации и слежки целей. Один из ключевых аспектов бьякугана – это способность видеть циркуляцию чакры в теле. Благодаря этому преимуществу бьякугана пользователь может блокировать потоки чакры противника с помощью техники мягкого кулака (Джуукен) – это тайдзюцу, с помощью которого пользователь выбивает танкецу противника (361 точку распределения чакры противника). Бьякуган не действует прямо против противника, а значит, и блокировать его нельзя, только в случае с Кеккей Генкай Ранмару. Бьякуган – это не только глаз, но и тело пользователя. Во время его использования опытные бойцы клана Хьюга, послав достаточный разряд чакры в тело врага, могут убить его одним ударом – позволяет с легкостью выплескивать чакру из тела в определенных количествах. Также член клана Хьюга обладает способностью выбрасывать определенные количества чакры для различных целей
Защита этого могущественного додзюцу самая главная задача клана Хьюга – это и привело к становлению жесткой иерархии в клане. Клан Хьюга разделен на главную и побочную ветви. Представители побочной ветви должны защищать главную ветвь клана. В случае же измены они могут быть убиты, так как на их лбах помещена проклятая печать. Убивают их представители главной ветви, путем использования техники активизирующей проклятую печать, которая разрывает ячейки головного мозга. Также если представитель побочной ветви умирает, то эта печать блокирует его бьякуган, чтобы враги не могли его заполучить.
Шеринган
Клан Хьюга один из старейших кланов Конохи. Он существовал с момента основания самой деревни. Много лет назад одна девушка клана Хьюга влюбилась в парня из другой деревни. Она вышла за него, несмотря на запрет остальных членов клана Хьюга. Но этот парень на самом деле не был человеком – он был королем Тенгу (японская версия Геракла). Это был Соджобо - Коноха-тенгу. Как король, Соджобо обладал волшебной силой. Он носил веер из листьев, один взмах этого веера создавал шторм (иногда люди называли этот тип листьев Тенгу но Учиха). Соджобо мог телепортировать себя или любые другие вещи. Он также владел телепатией, мог вторгаться в чужое сознание и доводить людей до безумия. Соджобо был знаменит своей способностью изменять форму: он превращался в человека, чтобы разговаривать с другими людьми. Тем не менее, девушка из клана Хьюга влюбилась в Соджобо, принявшего человеческую форму. Вскоре она вышла за него, не зная секрета Соджобо. Через год или два она забеременела и родила первого сына. Соджобо назвал его Учиха, Учиха Мадара, в честь Учиха, что значит веер. Веер позже стал символом нового клана. Дела шли хорошо, Мадара вырос и стал очень сильным ниндзя. Он не только унаследовал гены своей матери - гены Хьюга - но под воздействием генов тенгу Бьякуган мутировал в нечто более смертоносное - Шеринган! Было три уровня: обычный Шаринган, Мангекой Шаринган (гипнотический) и высший шеринган. Как и отец, Мадара обладал невероятными способностями. Он был способен к телепатии, телепортировал себя на небольшие расстояния. Когда он активировал Мангекой Шаринган (а обычный Шаринган действовал у него постоянно), то его способности усиливались, и он приближался по форме к тенгу.
Из-за своей храбрости и несравненной силы Мадара стал героем в глазах жителей Конохи, несмотря на то, что он был еще подростком. Он стал близким другом Первого Хокаге, вместе они взяли на себя обязательство защищать деревню. Мадара основал полицию в Конохе и поклялся защищать деревню ценой своей жизни. Но не каждый день коту масленица. Когда Мадара вырос, он понял что Соджобо хочет от него другого. Он искал идеальное тело, которое позволило бы ему стать еще сильнее. Соджобо выяснил, что лучшим для него будет тело с его же генами. Он планировал переместиться в тело Мадары, когда юноша достигнет зрелости. Мадара был шокирован и разгневан. Мадара понял, что его собираются использовать, но не собирался просто так здаваться. Но он также знал, что его отец - Король Тенгу - был во много раз сильнее. Поэтому Мадара отправился на поиски легендарного хвостатого Демона Лиса (Бога огня). Демон Лис был впечатлен способностями Мадары. Они заключили тайное соглашение, Демон Лис согласился дать свою силу и чакру Учихе Мадаре. Вскоре Мадара освоил огненные техники и даже мог вызывать темный огонь, который горит семь дней и семь ночей. Но, даже обладая этой невероятной силой, Мадара не мог убить отца, а только запечатать его. Техника запечатывания, которую он использовал, была особенной. Чтобы освободить Соджобо нужна чакра девятихвостого, три ниндзя клана Учиха с Мангекой Шаринган, которые одновременно используют три разные специальные техники: Тсукиоми, Аматерасу, Сусано. Тогда великое зло выйдет на волю. Мадара считал, этого будет достаточно, чтобы держать Соджобо запечатанным на веки вечные. Позже Мадара был убит, а его клан – клан Учиха, стал самым могущественным в Конохе.
Шеринган – Это додзюцу Кекей Генкай клана Учиха. Эта способность глаза дает пользователю возможность видеть любые техники противника и блокировать их. Также, член клана, рассмотрев выполняемую технику противника, может точно запомнить движения, требуемые чтобы осуществить технику, а также печати рук. Однако член клана не может копировать техники, которые относятся к разряду Кеккей Генкай и должен иметь тело, способное выдержать напряжение использования шерингана. Шеринган не сразу появляется у представителя клана Учиха – он появляется позже в течении жизни, во время эмоционального напряжения или в ходе ожесточенной битвы. Сам шеринган может быть имплантирован другому человеку, но тело этого человека не сможет сдерживать напряжение шерингана, так как истинные его носители. Так шеринган был передан от Обито Учихи к Хатаке Какаши. Нужно также отметить, что частое использование шерингана ухудшает зрение. Сила шерингана оценивается количеством томое (запятых) в зрачке. Одна запятая – повторение ранее запомненных техник, две – способность отслеживать вражеские техники, движение противника, видеть гендзюцу противника и видеть его чакру, а также различать настоящего человека или клона. Если в глазу три запятые – пользователь может видеть не только малейшее движение противника, но и напряжение каждого его мускула. Это увеличивает эффективность атак пользователя и уменьшает расход чакры
Гипнотический Шеринган (Мангекё) – второй уровень шерингана, позволяющий осуществлять три могущественных додзюцу: Сусано, Аматерасу и Тсукиеми. Чтобы уметь воспроизводить эту технику глаза нужного убить близкого тебе человека, друга. Эта техника поглощает огромное количество чакры, но и производит соответствующий эффект
Аматерасу – Богиня Солнца, техника ниндзюцу, позволяющая создать мощный черный огонь. Этот огонь горит 7 дней и 7 ночей и прожигает все на своем пути что бы это ни было
Тсукиёми – Бог Луны, техника гендзюцу, позволяющая, при взгляде в глаза противника, погрузить его в иллюзорный мир. В этом мире пользователь имеет неограниченную власть над противником, временем и вообще всем. Он может создавать любые самые страшные и болезненные иллюзии, пытать врага на протяжении всего одной секунды, но для противника это будет как 72 часа (предел Итачи) или даже больше, в зависимости от опыта и возможностей пользователя. Когда это гензюцу перестает действовать, у противника не наблюдается никаких увечий или ранений, но зато сильнейшая психическая травма. 
Сусано - абсолютная техника призыва. Обладатель Мангеке Шарингана вызывает воплощение Бога Морей и Штормов. Воплощение дарует практически абсолютную защиту от любого типа атак, исключая, возможно, гендзюцу, обладает невероятной разрушительной мощью и скоростью. Эта техника - "последнийй козырь", ибо следствие ее - полное физическое истощение и гигантский риск для глаз.
Высший Гипнотический Шеринган ( Киндайка Мангекё) – высшая стадия Шерингана, которую может использовать лишь Учиха Мадара, а как ее заполучить неизвестно. Именно с помощью этого дзюцу Мадара смог запечатать Саджобо. Мадара мгновенно преобразует свой шеринган и лишает противника 5 главных чувств: зрения, слуха, обаняния, осязания, вкуса. Сопровождается сильной болью головы и глаз, а действие может продолжаться не более 30 секунд.
Риннеган
Риннеган – это Кеккей Генкай Рокаду Сеннина (мудреца шести путей) и его потомков. Рокаду Сенин был основателем мира шиноби, и его додзюцу считалось сильнее как бьякугана, так и шерингана. Риннеган расценивается как средство создания, когда мир на грани отчаяния, и оружие разрушения, чтобы вернуть все в первоначальный хаос и небытие. Об истинной степени силы Риннегана неизвестно, но говорится, что пользователь со временем полностью осваивает весь возможный потенциал своей чакры. Сирота из Деревни Дождя Нагато единственный наследник Риннегана известный на данный момент. Он использован риннеган подсознательно, когда был, сердит или боялся. Он вступал в неистовое состояние, что позволяло ему побеждать даже намного сильного противника. Риннеган – это глаз метемпсихоза, позволяющий переселяться в различные тела. Так Пэйн (Нагато) использует шесть разных тел во время битвы. Он может переключаться между ними в мгновение ока, без каких либо ограничений. Таже все эти тела обладают риннеганом, и все что видит одно тело, то видят и другие тела Пэйна. Также он может общаться с определенными людьми на подсознательном уровне и использовать страшнейшие по мощи и смертоносности гендзюцу.
Хиотон
Буквально «выпуск льда» - Кеккей Генкай клана Хаку, способный комбинировать элемент воздуха и воды, создавая ледяной элемент. Пользователь использует лед, который получается при взаимодействии воды с потоками воздуха. При этом чтобы использовать техники на базе льда, обязательно нужна вода. С опытом пользователь наращивает свое мысленное управление льдом, при этом затрачивая на техники гораздо меньше чакры. Пользователь может применить Хиотон даже неосознанно, в страхе или других эмоциональных порывах. Так Хаку неосознанно в отчаянии и страхе убил своего отца, соорудив огромную ледяную клетку с шипами, при этом требуется минимальное количество чакры. Техники на базе льда может использовать не только Хаку
Остальные ниндзя тоже могут использовать эти техники, но при этом их уровень контроля и комбинирования элементов будет намного ниже, лед хрупче, а чакры будет затрачиваться намного больше. При этом результат будет не настолько смертоносным как у представителей клана Хаку. Так эти техники использует команда ниндзя из Деревни Скрытой в Снегу: Казахана Доту, Роуга Надаре, Какуёку Фубуки и Фуюгума Мизоре.
Мокутон
Буквально «выпуск дерева» - это Кеккей Генкай на подобии Хиотона, но при этом пользователь комбинирует элементы воды и земли, при этом результатом этой комбинации являются всевозможные растения или деревья, меняя их размеры и форму. Техники Мокутон могут производиться отовсюду, включая тело пользователя, поскольку его чакра буквально выступает в роли элемента земли, а тело, в большинстве своем состоя из воды, производит соответствующий результат. Шодайме Хокаге был создателем этой способности – отсутствие других шиноби, использующих Мокутон доказывает это.
Эта техника также позволяла Шодайме выращивать плотные лесистые местности – многие деревья Конохи были выращены первым хокаге этим путем. Через какое-то время после смерти Шодайме, Орочимару выкрал его тело и захотел завладеть его способностями. В ходе его эксперимента 60 детям был введен ген Шодайме. 59 детей погибли в ходе эксперимента – их тела отторгли введенный ген и генетическая структура детей разрушилась. Но один выжил – его звали Ямато. На данный момент он единственный живой пользователь Мокутона. Техники растений могут использовать другие ниндзя, например Юухи Куренай, но почти подсознательное владение и формирование элемента Мокутон дается только пользователю с аналогичным геномом.
Кеккей Генкай Ранмару
Техники этого гена используются Ранмару – сиротой из Водной страны. Возможно, его семья была истреблена, как и семья Хаку, после гражданской войны и охотой за представителями рода Кеккей Генкай в Стране Воды. Его способности включают в себя проникающее видение сквозь любые предметы, растягивание чакры и частичное предсказание дальнейших действий противника, судя по движениям его мышц. Подобно членам клана Хьюга, Ранмару может видеть сквозь предметы, но при этом диапазон его зрения намного меньше чем диапазон бьякугана. Но при этом его зрение не ограничивается способностью видеть потоки чакр и скозь предметы – он также может чувствовать жизненные силы обьектов. Так он смог определить, что его наставник Куросуки Райга не был убит при завале камнями, а Нейджи Хьюга решил обратное. Вторая способность Ранмару это разтягивание чакры – он может расширять его чакру в красных пылеобразных частицах, чтобы создать фантомы с красной циркуляцией чакр, чтобы скрыть самого себя от любых глаз… даже от Шарингана и Бьякугана. Фантомы используются эффективней при взаимодействии с техникой Кири Гакуре (туманное джутцу). При этом обладатель Бьякугана путает спектральные изображения Ранмару с настоящим ниндзя.
Шикоцу Мияки
Это Кеккей Генкай клана Кагуя, который позволяет им неограниченно управлять своей скелетной структурой. Пользователь Шикоцу Мияки может управлять ростом кости, плотностью и формой, такой, что они могут повторно вырастить потерянные кости или вытаскивать кости из тела и использовать в бою или подобно шипам, причем с огромной скоростью на уровне мысли. Этот ген также позволяет пользователю делать кости тяжелее чем сталь, или создавать костяные мечи настолько острые, что ими можно резать железо. Они также могут создать супертвердый слой костей своего скелета, делая его практически неразрушимым. Опытный и закаленный в бою пользователь Шикоцу Мияки способен также создавать кости независимо от своего тела. Последний и ныне покойный представитель клана Кагуя Кимимаро разработал ряд тайдзюцу с помощью способности Шикоцу Мияки, основанный на боевых танцах. Остальные представители клана Кагуя были убиты группой шиноби скрытого тумана
Сома Но Ко
Буквально «нападение пары злых духов» - это Кеккей Генкай братьев Сакона и Юкона. Эта способность позволяет братьям преобразовывать их тело на молекулярном уровне, разъединяться и сливаться друг с другом. Эта возможность позволяет их общему телу, так как Юкон всегда бездействует, а его голова растет из позвоночника Сакона, менять на молекулярном уровне любые части тел или органы братьев. Эти способности Сакона позволяют ему в объединенном состоянии с Юконом быстро отращивать конечности из любой части тела для рукопашного боя. Кроме того, Сакон и Юкон обладают проклятой печатью, с помощью которой они улучшили свои способности.
Первый уровень проклятой печати способен увеличить скорость и силу ударов Сакона и Юкона в объединенном состоянии.
Второй уровень печати позволяет Сакону и Юкону отсоединяться и атаковать противника, не теряя прежней скорости боя. Кроме этого Если тело кого-нибудь из них сольется с телом противника Сакон и Юкон могут убить противника уничтожив изнутри его клеточную структуру. Но при разъединении Сакон и Юкон не могут использовать свою способность совместного боя и поэтому более уязвимы, а если Сакон или Юкон слился с телом противника последний, пожертвовав собой, может его убить. 
Кеккей Генкай клана Курама
Наследственность способностей клана Курама немного отличается от других носителей улучшенного гена Кеккей Генкай. Каждые несколько поколений в клане рождается ребенок с невероятным талантом к гендзюцу. Гендзюцу такого представителя клана Курама является совершенно непреодолимым, а вывести ничего не осознающую жертву из этого гендзюцу может только резкая боль и удар. Кроме того, устрашающие гендзюцу, которые разрабатывают сами же уникальные представители клана Курама, настолько мощны, что когда пользователь использует гендзюцу на противнике, его мозг автоматически копирует иллюзию гендзюцу и иллюзорная атака становится реальной, что позволяет с легкостью прикончить противника в пределах действия техники. Однако и у этой пугающей силы есть свои недостатки. Пользователь редко может использовать свои способности в полную силу, даже если он опытный и закаленный боец, а частое использование техник гендзюцу и их подсознательное использование потихоньку приводит к раздвоению личности пользователя – появляется второй мозговой индивидуум в теле пользователя, под управлением самой генетической силы организма. Этот индивидуум в скором времени подавляет волю носителя и пользователь превращается в кровожадного монстра, психически нестабильного человека, под управлением его же собственных мысленных способностей, опасного для окружающих
Кибаку Нендо (уникальная способность)
Уникальная способность Дейдары, одного из Акацук. С помощью ротиков в своем теле он может пережевывать глину и превращать ее в взрывчатку, бомбочки различного типа, размера, функции, формы и назначения. Как только бомба достигла цели, Дейдара говорит «Кацу» и она взрывается.
Сатецу (уникальная способность)
Уникальная техника ниндзюцу, используемая Сандайме Казекаге. Это наиболее мощная техника в Суне – она и послужила тому, что ее обладатель стал Казекаге. Изучая манипуляцию песка однохвостого демона Шукаку, Сандайме разработал для себя почти аналогичную технику, с тем лишь отличием, что песок железный. Он использовал эту технику, преобразуя свою чакру в магнитное поле. Эта техника идентична манипуляции песком Гаары. После смерти один из Акацук Сасори создал марионетку Сандайме Казекаге – при этом способность Сатецу была оставлена за марионеткой. Позже Сасори улучшил данную технику, обработал песок ядом и разработал некоторые техники к Сатецу
